Πληροφορίες

Πώς να δημιουργήσετε μια δομή τριμερούς πρωτεΐνης από μονομερές αρχείο PDB;

Πώς να δημιουργήσετε μια δομή τριμερούς πρωτεΐνης από μονομερές αρχείο PDB;


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Πρόβλημα: Έχω ένα αρχείο PDB, με ένα μονομερές, αλλά θα ήθελα να δείξω ολόκληρη τη δομή - η οποία είναι τριμερής - αλλά δεν καταλαβαίνω πώς να συγχωνεύσω/δημιουργήσω ή να συνδυάσω τις μονομερείς μονάδες στην πλήρη δομή του στο COOT, SWISS -PDBviewer ή πυμολη?

Εδώ είναι ένας σύνδεσμος για το σύμπλεγμα πρωτεϊνών που εξετάζω

θα το εκτιμούσα: Οδηγίες για το πώς να το κάνετε αυτό (κατά προτίμηση σε coot, pymol ή Swiss-PDBviewer), ή παραπομπή σε ένα σεμινάριο που πραγματικά περνά από αυτό θα ήταν υπέροχο!

Για αναφορά: Βρήκα μερικές περιγραφές σχετικά με τον τρόπο "δημιουργίας/συγχώνευσης" με το Ελβετικό πρόγραμμα προβολής PDB εδώ. Και σε θέματα από αυτήν τη συζήτηση βρήκα περιγραφές για το πώς να το κάνω και με άλλα μοριακά γραφικά εργαλεία (αν και δεν το καταλαβαίνω πλήρως)

Αυτό που έχω δοκιμάσει: Στο σεμινάριο για το SWISS-PDBviewer (σύνδεσμος), μπορώ να ακολουθήσω μερικές από τις οδηγίες, αλλά δεν μπορώ να τις ακολουθήσω για πολύ:

  • Ανεβάζω τρία του ίδιου αρχείου PDB στο SWISS PDBviwerer (είναι στρωμένα το ένα πάνω στο άλλο)
  • Μπορώ να έχω πρόσβαση/να δω τα επίπεδα στις "πληροφορίες επιπέδων"
  • Μου λένε να ανοίξω το "εικονίδιο κειμένου" για να δω το αρχείο κειμένου PDB και να αναζητήσω σειρές "mtrix" - οι οποίες θα πρέπει να έρχονται ακριβώς πριν από τις σειρές "atom". Όπως αναφέρεται στις οδηγίες:

" Μετακινηθείτε προς τα κάτω στο αρχείο pdb μέχρι να βρείτε γραμμές MTRIX (βρίσκονται ακριβώς πριν από τις γραμμές ATOM). Μπορείτε να δείτε 9 γραμμές MTRIX. Αντιπροσωπεύουν τρεις μήτρες μετασχηματισμού και σας επιτρέπουν να δημιουργήσετε τις μη κρυσταλλογραφικές συμμετρίες της πρωτεΐνης"

Δεν μπορώ να βρω το "mtrix " γραμμές στο αρχείο κειμένου PDB και δεν είμαι σίγουρος για το πώς να ακολουθήσω τις επόμενες οδηγίες (σύνδεσμος) μετά από αυτό επίσης. Δεν μπορώ να κάνω κλικ οπουδήποτε στο αρχείο κειμένου, τότε λαμβάνω το σφάλμα: "Δυστυχώς, δεν μπορώ να αναγνωρίσω πληροφορίες με δυνατότητα κλικ σε αυτόν τον δείκτη…

Αυτό βλέπω παραπάνω "άτομο"σειρά:


Το αρχείο PDB περιέχει μόνο την ασύμμετρη μονάδα και καμία πληροφορία για ένα πιθανό βιολογικό σχετικό πολυμερές. Επομένως, θα χρειαστεί να λάβετε πειραματικά πληροφορίες σχετικά με την κατάσταση σε λύση.

Τούτου λεχθέντος, μπορεί κανείς συχνά να συμπεράνει από το μέγεθος της επιφάνειας επαφής εάν έχετε μια πιθανή τεταρτοταγή δομή. Μπορείτε να το κάνετε με το χέρι, αλλά ο διακομιστής PISA είναι πολύ χρήσιμος εκεί και θα εξάγει επίσης το αρχείο PDB του πολυμερούς:

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/

Εάν θέλετε απλώς να εφαρμόσετε τελεστές συμμετρίας στην ασύμμετρη μονάδα σας προκειμένου να δημιουργήσετε σύντροφους συμμετρίας, μπορείτε να το κάνετε στο

Pymol: - κάντε κλικ στο Action/generate/symmetry mates/εντός X Å - από τη γραμμή εντολών: πρόθεμα symexp, επιλογή, διακοπή, π.χ. symexp sym, 1GVF, (1GVF), 5 δείτε επίσης http://pymolwiki.org/index.php/Symexp Coot: - εάν θέλετε απλώς να κοιτάξετε τους συντρόφους συμμετρίας, ενεργοποιήστε το View/Cell & Symmetry με κατάλληλη ακτίνα και/ή επιλέξτε "Symmetry by molecule" - εάν θέλετε να δημιουργήσετε πραγματικά τα συμμετρικά, δοκιμάστε Extensions/Modelling/New Molecule από το Symmetry Op - ωστόσο θα πρέπει να καθορίσετε το SymOp με μη αυτόματο τρόπο.

Θα χρειαστεί να έχετε την εγγραφή CRYST1 στο αρχείο PDB με τη σωστή ομάδα χώρου.


Δεν υπάρχουν κάρτες MTRIX για αυτό το μόριο. Αυτό μοιάζει με τον πιο εύκολο δρόμο:

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=4G3Y

Λήψη Αρχείων -> Βιολογική Συνέλευση 1

δηλ .:

http://www.rcsb.org/pdb/files/4G3Y.pdb1.gz

Και διαβάστε αυτό το αρχείο στο Coot (αν το επιθυμείτε)


Δες το βίντεο: 4. Ein Zusammenbau aus Baugruppen-Dateien .mac erstellen (Φεβρουάριος 2023).